為做好災后衛生防疫工作，全力保障人民群眾生命健康安全，市衛健委迅速啟動衛生應急響應預案，成立工作專班，開展“兩清一消殺”，加強傳染病和飲用水監測，組織防疫培訓，指定5家醫院為洪澇災害醫療救治定點醫院。
市衛健委第一時間成立工作專班，下設專家指導、醫療救治、疾病防控、疫情處置等專項工作組，制定《太原市災后衛生防疫工作方案》《太原市應對清徐縣洪澇災害醫療救治工作方案》。同時，相關負責人深入清徐縣受災一線，評估災后疫情風險，部署災后環境衛生清理與消毒、飲用水衛生處理、廁所衛生和糞便處理、病媒生物防制、傳染病疫情和突發公共衛生事件監測報告、食品安生管理、宣傳教育、醫療救治8個方面工作。
市、縣疾控中心組織專業力量實施全域全方位“兩清一消殺”工作，對過洪區域、集中安置點開展清垃圾(雜物)、清污(淤)泥、消毒消殺，對洪災造成的死亡畜禽開展無害化處理。目前，王答鄉董家營村、大寨村，集義鄉西遼西村，孟封鎮孟封村、南里旺村和幼專安置點、太重安置點已完成預防性消毒，小武村消殺正隨清淤工作逐步推進。清徐縣衛體局密切監測受災群眾健康狀況，實行日報告、零報告制度，加強監測數據分析研判，及時發現傳染病疫情苗頭。目前，腸道傳染病、自然疫源性疾病及呼吸道傳染病等均未接到相關病例報告。市衛生健康綜合行政執法隊現場排查受災地區飲用水污染情況，停用小武村、東羅村、閆家營村、孟封村等被淹自備井，引導受災群眾科學搞好水井周邊排污工作，指導清徐縣疾控中心全面開展飲用水應急監測。
根據洪澇災害的醫療救治特點，市衛健委指定市中心醫院、太鋼總醫院、市第三人民醫院、市精神病醫院、市婦幼保健院為洪澇災害醫療救治定點醫院，建立綠色通道，設置專用病房，每家醫院安排10張至20張預留救治床位；抽調16名副主任以上醫師組建醫療救治專家組，涉及創傷、重癥、感染、消化、皮膚、心理等專業；市急救中心成立急救轉運專班，足量配備急救車、醫護人員及相關設備；市血液中心全力做好血源應急儲備。
